守护宇宙和平的宇宙警备队与最强最邪恶的战士贝利亚奥特曼展开激烈的大战，为了结束这场战斗，光之国开发了寄宿着奥特战士们的力量的奥特胶囊。但是贝利亚发动了毁灭宇宙的大爆炸“因帕克危机”，自己却从爆炸中消失了，为了阻止这个危机，奥特之王用尽全部力量修复了宇宙，也下落不明。
现在，地球上突然遭受贝利亚融合兽的威胁，而与此同时一位名为朝仓陆的普通青年在目睹自己所在的城市被破坏后渴望获得守护家园的力量，命运就此转变。有一天，朝仓陆被引入一个位于天文台地下500m的秘密基地“星云庄”的中央司令室里。那里的报告管理系统莱姆将捷德升华器和奥特胶囊托付给朝仓陆，于是新的光之巨人——捷德奥特曼，屹立在大家眼前。
与此同时也知道自己继承了堕入黑暗的邪恶巨人贝利亚奥特曼的遗传基因。自己作为在地球长大的普通年轻人，知道了自己其实是贝利亚奥特曼的儿子（实际上是仿制品）。捷德奥特曼，也就是朝仓陆的命运发生了巨大变化。